Spadkobiercą Muzeum Mazurskiego jest obecne Muzeum Warmii i Mazur. Placówka, tak kiedyś jak i dziś, ma główną siedzibę w olsztyńskim zamku kapituły warmińskiej. Wcześniej w zamku, w czasach, gdy Olsztyn leżał w granicach nieistniejących dziś Prus Wschodnich, w zamku działało Heimatmuseum.